男人性交后第二天生殖器有痛疼感伴有尿急尿痛，可能是由以下因素導致：感染、機械性損傷、過敏反應、泌尿系統結石、性傳播疾病等。身體不適時，應盡快尋求專業醫療意見，遵循醫生的建議進行治療，切莫自行開處方。
1.感染：常見的有尿道炎、前列腺炎。尿道炎多因細菌感染，如大腸桿菌等。前列腺炎可能是細菌感染或非細菌性炎癥。癥狀包括尿頻、尿急、尿痛、會陰部墜脹等。治療常使用左氧氟沙星、頭孢呋辛酯、阿奇霉素等抗生素。
2.機械性損傷：性生活時動作過于劇烈或姿勢不當，可能導致生殖器損傷，引發疼痛和排尿異常。一般需要休息，若損傷嚴重可能需手術修復。
3.過敏反應：對避孕套材質、潤滑劑等過敏，可引起局部炎癥和不適。需避免接觸過敏原，必要時使用抗過敏藥物，如氯雷他定、西替利嗪等。
4.泌尿系統結石：如尿道結石，在性交后可能刺激尿道，產生疼痛和排尿問題。較小的結石可通過多喝水、多運動排出，較大的結石可能需要體外碎石或手術取石。
5.性傳播疾病：如淋病、非淋菌性尿道炎等。這類疾病多由不潔性行為引起，常有膿性分泌物、尿道刺痛等癥狀。治療需根據具體病原體選擇藥物，如大觀霉素、多西環素等。
總之，出現上述癥狀應引起重視，盡快到正規醫院泌尿外科就診，明確病因后進行針對性治療。同時，性生活時應注意衛生和方式，預防此類情況的發生。