小兒急性出血性壞死性腸炎的病因較為復雜，主要包括腸道感染、飲食因素、腸道缺血、變態反應、腸道菌群失調等。 1.腸道感染：如產氣莢膜桿菌、C 型產氣莢膜桿菌等細菌感染，病毒、真菌等也可能參與其中。 2.飲食因素：進食不潔食物、暴飲暴食，或食用大量刺激性、不易消化的食物。 3.腸道缺血：當腸道血管發生痙攣、栓塞等，導致腸道供血不足。 4.變態反應：某些過敏體質的兒童，對食物、藥物等產生過敏反應，引發腸道炎癥。 5.腸道菌群失調：腸道內有益菌減少，有害菌增多，破壞腸道微生態平衡。 總之，小兒急性出血性壞死性腸炎的病因多樣，且可能相互作用。一旦孩子出現相關癥狀，應及時就醫，明確診斷，并采取相應的治療措施。

現認為本病的發病與感染產生B毒素的Welchii桿菌(C型產氣莢膜桿菌)有關B毒素可致腸道組織壞死產生壞疽性腸炎。也可能與以下兩因素相關：腸內存在某些細菌及其所產毒素：以C型產氣莢膜梭狀桿菌B毒素可能性較大因發現本病患者糞便厭氧培養此菌檢出率及其B毒素血清抗體陽性率均顯著高于正常人群。

現認為本病的發病與感染產生B毒素的Welchii桿菌(C型產氣莢膜桿菌)有關B毒素可致腸道組織壞死產生壞疽性腸炎也可能與以下兩因素相關：腸內存在某些細菌及其所產毒素：以C型產氣莢膜梭狀桿菌B毒素可能性較大因發現本病患者糞便厭氧培養此菌檢出率及其B毒素血清抗體陽性率均顯著高于正常人群。