結核性腦膜炎患者住院清醒后仍頭疼，可能是炎癥未完全消退、顱壓變化、藥物副作用、合并其他疾病、心理因素等所致。 1.炎癥未完全消退：結核性腦膜炎的炎癥控制需要一定時間，盡管癥狀有所改善，但可能仍有殘余炎癥，導致頭疼。 2.顱壓變化：治療過程中，顱內壓的波動可能引起頭疼。比如腦脊液生成和吸收不平衡。 3.藥物副作用：部分治療藥物可能產生不良反應，如頭痛。常見的有鏈霉素、異煙肼等。 4.合并其他疾病：患者可能同時存在其他能引起頭痛的疾病，如高血壓、頸椎病等。 5.心理因素：患病后的緊張、焦慮情緒，可能導致頭疼癥狀持續或加重。 總之，結核性腦膜炎患者住院清醒后仍頭疼是較為常見的，需要綜合評估各種可能因素。患者應積極配合醫生治療，注意休息，保持良好心態，大多數患者經過規范治療后頭疼癥狀會逐漸緩解。

引起腦炎的病毒,蟲媒病毒，脊髓灰質炎病毒，柯薩奇病毒，通過蚊子傳播的蟲媒病毒性做個腦電圖CT及腦脊液化驗診斷。進一步明確病原。