肛瘺的形成通常與多種因素有關，如肛周膿腫、肛門直腸損傷、肛裂反復感染、會陰部手術、結核等。 1.肛周膿腫：這是肛瘺形成的主要原因。當肛管直腸周圍膿腫自行破潰或切開引流后，膿腔逐漸縮小，但腔壁纖維化形成堅硬的管道壁，就容易形成肛瘺。 2.肛門直腸損傷：比如肛門體溫計、肛門鏡檢查等造成的損傷，細菌侵入傷口可能引發感染，進而形成肛瘺。 3.肛裂反復感染：肛裂裂口反復感染，向皮下蔓延，形成皮下瘺。 4.會陰部手術：如內痔注射誤入肌層或手術后感染，也可能導致肛瘺。 5.結核：結核菌感染會引起肛瘺，這類患者通常伴有身體其他部位的結核病史。 總之，肛瘺的形成原因較為復雜。一旦出現肛瘺相關癥狀，應及時就醫，明確診斷，并在醫生的指導下進行規范治療。

一般認為肛瘺是肛門直腸周圍膿腫的后遺癥。而肛門直腸周圍膿腫95%是因肛門腺感染引起，大致引起的原因有以下幾種：(1)肛門周圍膿腫：主要因污染糞便滯留肛隱窩，引起肛腺炎，導致肛門周圍膿腫，是肛瘺形成的主要原因。(2)直腸肛門損傷：外傷、來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起肛門周圍膿腫。(3)肛裂：肛裂反復感染，可引起皮下瘺，也可引起肛腺炎。(4)會陰部手術：內痔注射過深或手術后感染，產后會陰縫合后感染，前列腺、尿道手術后感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘺。(5)結核：吞咽細菌或少數血行感染，均可引起結核性肛瘺。(6)潰瘍性大腸炎：可引起肛瘺。(7)克隆氏病：可伴有肛瘺。(8)直腸肛管癌：常伴發肛瘺。

肛瘺主要考慮為肛周膿腫反應感染、細菌入侵、不注意個人的衛生所至，是需要采取手術治療的。建議及時手術治療，因為只有進行手術，才能找到原發的內口，并把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除干凈.

肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘺的根本原因。膿腫破潰或切開后不能愈合，最終形成瘺管，其主要原因：①肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反復感染，形成瘺道。②瘺道多在肛門括約肌之間通過，由于括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘺道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以愈合。③直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘺道，刺激腔壁，繼發感染后由外口排出，也是造成瘺道的原因。④肛門直腸周圍膿腫破潰后，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合⑤瘺道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液潴留，反復感染，造成瘺道不易愈合。