病毒性腦炎治療后復查正常但仍有頭痛不適，可能是以下原因：疾病未完全恢復、精神心理因素、血管性頭痛、鼻竇炎、頸椎問題等。 1.疾病未完全恢復：雖然復查指標正常，但病毒對腦組織的損傷可能還在恢復中。 2.精神心理因素：如緊張、焦慮、壓力大等，可能導致頭痛。 3.血管性頭痛：腦血管舒縮功能異常，引起頭部疼痛。 4.鼻竇炎：鼻竇炎癥刺激，可導致額頭及頭頂疼痛。 5.頸椎問題：頸椎病變壓迫神經，也可能引起頭痛。 總之，出現這種情況需要綜合考慮各種因素。如果頭痛持續不緩解或加重，應及時到正規醫院就診，明確原因，采取相應的治療措施。

你這個會存在病毒性腦炎，那可能是會給你的腦部細胞存在較大的損傷，如果比較嚴重了那可能由于變質的腦細菌并未得到恢復，因此就會留下些后遺癥，你現在的治療總體情況可能還可以，目前又出現頭部疼痛，那最好是及時治療比較好。如果頭痛嚴重可以口服點羅通定片、腺苷鈷胺片、腦蛋白水解物片、維生素E膠丸，要加強營養。