非近親結婚但小孩眼睛不好想查基因，可能涉及多個科室，如眼科、遺傳咨詢科、兒科、神經內科、內分泌科等。 1.眼科：眼睛是直接相關器官，眼科醫生能通過專業檢查評估眼部結構和功能異常，判斷是否存在眼部本身的病變，為基因檢測提供方向。 2.遺傳咨詢科：專門研究和解答遺傳相關問題，能評估家族遺傳史，分析基因檢測的必要性和可行性，并解讀檢測結果。 3.兒科：綜合考慮孩子的整體生長發育情況，排查是否存在其他系統的問題影響眼部發育。 4.神經內科：某些神經系統疾病可能影響眼部功能，通過相關檢查排除神經方面的原因。 5.內分泌科：部分內分泌疾病如糖尿病等，可能導致眼部并發癥，影響視力。 總之，對于非近親結婚但小孩眼睛不好要查基因的情況，需要多科室協同合作，綜合判斷，以明確病因并制定合適的治療方案。

建議最好做一下DNA鑒定，其次家族中有其它人種的可能性。