生殖器皰疹是由單純皰疹病毒引起的性傳播疾病，具有反復發作的特點。治療效果不佳可能與病毒潛伏、免疫狀態、治療方法、生活習慣、未規范治療等有關。 1.病毒潛伏：單純皰疹病毒可在神經節內長期潛伏，當機體免疫力下降時容易復發。 2.免疫狀態：個體免疫力強弱對控制病毒復制和病情復發至關重要。 3.治療方法：部分治療方案可能不夠全面或未針對病毒潛伏機制。 4.生活習慣：如長期熬夜、過度勞累、吸煙飲酒、頻繁性生活等，會影響身體抵抗力。 5.未規范治療：未按醫囑足量足療程用藥，導致病毒未被徹底清除。 生殖器皰疹的治療需要綜合考慮多種因素。患者應保持良好的生活習慣，增強自身免疫力，選擇正規醫院，遵循醫生建議進行規范治療。

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雖然生殖器皰疹經綜合治療，皰疹消退后，損傷處修復如初，但少數殘余的病毒發生變異，任隱藏于神經細胞內，當患者免疫力下降，潛伏的病毒重新復活，開始繁殖復制出新病毒，又沿神經軸返回皮膚黏膜，引起新的皰疹，病情逐漸明顯，從而出現皰疹復發。生殖器皰疹的復發原因，可能與患者存在其他的性病有關系，因而在醫院治療生殖器皰疹的同時，一定要進行全面的檢查，一旦發現有其他疾病的產生，要做到疾病同時治療，避免疾病交叉感染。