13 歲男孩小便呈紅色且伴有疼痛，可能是泌尿系統感染、結石、腎炎、外傷或腫瘤等原因引起的。 1.泌尿系統感染：細菌侵襲泌尿系統，導致炎癥，引起尿頻、尿急、尿痛及血尿。治療常使用頭孢呋辛酯、左氧氟沙星、阿莫西林等抗生素。 2.泌尿系統結石：結石摩擦尿路黏膜，造成損傷出血和疼痛。小結石可通過多喝水、多運動排出，大結石可能需體外沖擊波碎石或手術。 3.腎炎：免疫功能異常導致腎小球損傷，出現血尿、蛋白尿、水腫等。治療包括休息、低鹽飲食，使用潑尼松等藥物。 4.外傷：外力損傷尿路，引起出血和疼痛。輕微外傷多可自愈，嚴重外傷需手術修復。 5.腫瘤：泌尿系統腫瘤也可能導致血尿和疼痛，但在兒童中較為少見。 總之，出現小便紅色伴疼痛應引起重視，盡快到正規醫院泌尿外科就診，進行尿常規、B 超等檢查，明確原因后采取相應的治療措施。同時要注意多喝水，注意個人衛生。

根據你描述的情況，非常像是，有血尿的表現，一般這種情況就是由于泌尿系統有炎癥，炎癥對泌尿系粘膜造成刺激，導致毛細血管破裂，引起來的。建議到醫院，查一下血常規和尿常規，看有無異常，如果是炎癥引起來的，用一些比較好的消炎藥控制情況，炎癥消退以后，情況就會緩解了。