本病潛伏期10～65天。缺乏特異性臨床表現，無癥狀感染和輕癥患者常見。1.急性呼吸系感染是其主要表現，如咽炎、喉炎、鼻竇炎、中耳炎、支氣管炎及肺炎，以肺炎最常見占50%以上，支氣管炎次之。老年人以肺炎多見，20歲以下的青少年，則多為支氣管炎及上呼吸道感染。常以發熱、全身不適、咽痛及聲音嘶啞起病，數日后出現咳嗽，此時體溫多已正常。亦可引起支氣管炎、支氣管哮喘，原有支氣管哮喘的患者感染肺炎衣原體后，可加重病情。還可引起咽炎、鼻竇炎及中耳炎，此多與肺炎及支氣管炎同時存在。病變一般均較輕，但即使應用抗生素治療，病情恢復較慢，咳嗽及全身不適等癥狀可持續數星期至數月。病情嚴重者可因原基礎疾病加重或因發生并發癥如細菌感染而死亡。2.傷寒型少數患者表現為高熱、頭痛、相對緩脈及肝脾大，易并發心肌炎、心內膜炎和腦膜炎，重癥患者出現昏迷及急性腎衰竭，表現類似重型傷寒。3.肺炎衣原體感染與動脈硬化、冠心病及急性心肌梗死之發病的相關性據統計50%的慢性冠心病及68%急性心肌梗死患者血清中，可檢出抗肺炎衣原體抗體(IgG和IgA)，對照組僅17%。用肺炎衣原體單克隆抗體免疫組化染色或用PCR法，在冠狀動脈或主動脈的硬化斑中，可檢出肺炎衣原體抗原或其DNA，證實在病灶內存在病原體，而在正常動脈組織中未檢出。在電鏡下觀察亦發現在硬化的冠狀動脈壁上，可見大小和形態與肺炎衣原體相似的梨狀物。Gloria等報告用單克隆抗體免疫熒光法，分別在主動脈和冠狀動脈硬化的標本中檢出肺炎衣原體抗原，陽性率分別為13%和79%，正常主動脈為4%。故認為肺炎衣原體感染與動脈硬化的發生相關，是發生冠心病的危險因素，對冠心病患者應注意除外肺炎衣原體感染，并認為防治肺炎衣原體感染有可能減少冠心病的發生。據報告，動脈粥樣硬化、冠心病及外周動脈栓塞等心血管病患者，常合并肺炎衣原體感染，用羅紅霉素等大環內酯類抗生素治療，并經過2～7年的隨訪，可明顯降低心血管病的進展。同時發現有腎衰竭的冠心病患者，其肺炎衣原體的感染率更高，且更易促進心血管病的進展。4.其他可引起虹膜炎、肝炎、心內膜炎、腦膜炎及結節性紅斑等。是艾滋病、惡性腫瘤或白血病等疾病發生繼發感染的重要病原體之一。另發現在一些疾病如惡性腫瘤、腦血管病、腎功能不全、帕金森綜合征、肝硬化及糖尿病患者，均可檢出較高陽性率的肺炎衣原體抗體，兩者間的確切關系尚不明確。近年來發現，肺炎衣原體感染在COPD中常見(65%)，重癥患者更高。且發現COPD患者肺炎衣原體特異性抗體陽性率明顯高于健康人群。尤其是＞50歲的COPD患者，4%以上的急性發作與肺炎衣原體感染有關。

病原治療同另兩種衣原體感染，對四環素類、紅霉素及氟喹諾酮類藥物均極敏感，對磺胺耐藥，故常用四環素或紅霉素，2g/d，分4次口服。亦可用多西環素0.1g/次，2次/d，療程＞3周。孕婦、哺乳期婦女及兒童禁用四環素和喹諾酮類藥物。兒童(包括嬰幼兒)可用克拉霉素(克拉紅霉素)，有較好的療效。部分病例停藥后可復發，尤其是用紅霉素治療者，再用四環素或多西環素治療仍有效。近年來發現新型大環內酯類抗生素的阿奇霉素，在體外藥敏試驗對肺炎衣原體呈高敏反應，易進入細胞內，細胞內濃度是血濃度的200%，半衰期長，成人1g/次，1次/d，頓服，具高效和低胃腸道反應的優點。有報告認為阿奇霉素聯合利福平是本病最佳治療方法。另經多中心臨床試驗證實，對3～12歲兒童用克林霉素15mg/(kg·d)、紅霉素50mg/(kg·d)或阿奇霉素10mg/(kg·d)均有效。

女性衣原體感染的主要感染部位為宮頸，由此可垂直感染給新生兒，引起嬰兒眼結膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及陰道炎等，不及時治療也可導致不孕癥

女性感染衣原體不限于尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺癥狀或癥狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害，應及時治療。