新生兒巨細胞病毒感染可能跟其它疾病比較相似，詳細如下　　1、先天性梅毒：患上先天性梅毒的新生兒也會出現肝脾腫大、皮膚瘀斑、脈絡膜視網膜炎等癥狀，與巨細胞病毒感染的癥狀很相似，二者可以通過母親感染情況、化驗嬰兒血清進行區別。　　2.嬰兒肝炎肝臟病理改變可見肝細胞水腫和類似慢性肝炎樣改變，又可引起重型肝炎改變。包涵體累及肝內膽管上皮細胞，引起膽管炎、膽汁淤積和黃疸。鑒別要點為CMV臨床表現為多系統、多臟器的損害和實驗室證實宿主體內有HCMV的侵入，即可診斷為CMV感染。　　3、先天性風疹：患有先天性風疹的新生兒，出生時皮膚就可出現紫紅色大小不一的斑點，且常伴有肝脾腫大、肝炎、溶血性貧血、耳聾等癥狀，這些癥狀與巨細胞病毒感染有相似之處，如果病兒出現先天性心臟、中心性白內障，則應考慮先天性風疹病毒感染。如果從癥狀不能鑒別，可以通過母親感染情況、病兒血清中的抗體進行區別。　　4.先天性弓形體感染　先天性弓形體感染與妊娠關系密切，母親在妊娠期受到弓形體感染后,不論是顯性或隱性感染，均可通過胎盤感染胎兒，直接影響胎兒發育，致畸嚴重。先天性弓形體感染，出生后呈全身性急性感染表現。先天性弓形體病現已成為人類先天性感染中最嚴重的疾病，多可致胎兒畸形、早產、死產等。CMV表現及預后與先天性弓形體感染相似，主要依賴實驗室檢查鑒別診斷。　　其他與其他病因的病理性黃疸和其他感染性腦病、腦膜腦炎鑒別，主要依賴實驗室檢查結果鑒別。