治療銅綠假單胞菌的臨床感染，以復合青霉素類、三或四代頭孢菌素、三或四代喹諾酮類等藥物為好。但臨床抗感染的經驗證明，單一抗生素對大多數G－桿菌尤其是銅綠假單胞菌的治療是不理想的，因其很快就會出現耐藥株，從而導致治療失敗，故此，NCCLS以及許多權威的專業人士早已主張聯合用藥。根據臨床實驗數據及有關專業人員的臨床監測結果，筆者認為，對抗此菌還是以聯合和交替用藥為佳，可使用上述三種藥物中的一種或兩種再配以一種氨基糖苷類藥（如慶大霉素、阿米卡星、妥布霉素等，雖然上述藥物對本菌也存在一定耐藥性，但一經聯合，其抗菌活性就會得以加強），數天后再交叉替換，這樣的用藥會更具時效性和科學性。而首選藥物，經驗上使用氟喹諾酮類、丁胺卡那及復達欣應被視為較佳組合。

嚴重銅綠假單胞菌屬感染的治療應采用敏感藥物聯合治療,劑量與療程決定于感染部位與感染嚴重程度,若是慢性感染或有病灶處解剖結構的破壞,療程常需數周乃至數月.目前,作用較強的抗菌藥物有半合成青霉素,如阿洛西林和哌拉西林,其中以哌拉西林為最常用.第三代頭孢菌素中以頭孢他啶,頭孢哌酮的作用較強.其他β內酰胺類藥物中亞胺培南及氨曲南；氨基糖苷類如慶大霉素,妥布霉素,阿米卡星和異帕米星；氟喹酮類如氧氟沙星,環丙沙星及氟羅沙星等都有一定作用.

銅綠假單胞菌尿路感染用藥，嚴重銅綠假單胞菌屬感染的治療應采用敏感藥物聯合治療，劑量與療程決定于感染部位與感染嚴重程度，若是慢性感染或有病灶處解剖結構的破壞，療程常需數周乃至數月。目前，作用較強的抗菌藥物有半合成青霉素，如阿洛西林和哌拉西林，其中以哌拉西林為最常用。第三代頭孢菌素中以頭孢他啶、頭孢哌酮的作用較強。其他β內酰胺類藥物中亞胺培南及氨曲南;氨基糖苷類如慶大霉素、妥布霉素、阿米卡星和異帕米星;氟喹酮類如氧氟沙星、環丙沙星及氟羅沙星等都有一定作用。

銅綠假單胞菌尿路感染用藥，近年來，銅綠假單胞菌對常用抗生素的耐藥率有明顯上升，這在重癥監護室(ICU)和肺纖維化的患者中尤為嚴重。有資料顯示ICU中銅綠假單胞菌對亞安培南的耐藥率已從早年的12.9%上升至18.5%(1999年)，而對氟喹諾酮類的耐藥率更是高達23%。故一旦細菌培養陽性，應即進行藥敏測定，以供選藥時參考。外科的清創、深部膿腫的引流對控制本屬細菌感染十分重要;瓣膜置換術后的發生的銅綠假單胞菌心內膜炎，亦應積極創造條件再進行瓣膜置換術，不能單一依靠抗菌治療而坐失手術時機。此外，也有作者提出可采用高效銅綠假單胞菌抗血清或高效多價人血丙種球蛋白(丙種球蛋白)治療銅綠假單胞菌感染，惟療效仍不確切，故不作常規推薦。