男性衣原體感染癥狀多樣，包括泌尿道、生殖道、呼吸道等方面，常見有尿頻尿急、尿痛、分泌物異常等。身體不適時，應盡快尋求專業醫療意見，遵循醫生的建議進行治療，切莫自行開處方。
1.泌尿道癥狀：尿頻、尿急、尿痛，尿道口有黏性或膿性分泌物。
2.生殖道癥狀：睪丸附睪疼痛、腫脹，會陰部不適。
3.呼吸道癥狀：咳嗽、咳痰、呼吸不暢。
4.眼部癥狀：眼睛紅腫、疼痛、流淚、分泌物增多。
5.全身癥狀：發熱、乏力、肌肉酸痛。
男性衣原體感染癥狀因感染部位不同而有所差異，如有相關癥狀應及時就醫。

當男性感染了支原體衣原體其癥狀主要表現為：尿黃、尿道口微紅、尿頻、尿不盡、偶爾尿道痛，燒灼感、尿滴瀝，個別人排尿不暢；腰酸、下腹部隱漲痛、睪丸漲痛，會陰部不適；很多人出現肛門不適，陰囊潮濕，性功能明顯減退；化驗前列腺液，精液標本中培養出支原體衣原體陽性。

衣原體和支原體侵入尿道黏膜后，大量繁殖、破壞臨近正常組織結構引起前列腺炎、精囊炎、附睪炎、睪丸炎、膀胱炎等，最大的特點是很容易轉為慢性，還可導致性功能障礙及不育，故要早發現早治療才能避免嚴重后果。

男性患者常見的癥狀為：尿道內的不適、刺癢、刺痛或燒灼感，少數有尿頻、尿道口輕度紅腫等，但30％至40％男性患者無癥狀。若不進行及時、正規治療，以致反復感染，則可以引起前列腺炎、附睪炎、輸精管炎和精囊炎，這些部位的炎癥會影響精子的貯存、存活及輸出，結果造成男子不育。

當男性感染了支原體衣原體其癥狀主要表現為：尿黃、尿道口微紅、尿頻、尿不盡、偶爾尿道痛，燒灼感、尿滴瀝，個別人排尿不暢;腰酸、下腹部隱漲痛、睪丸漲痛，會陰部不適;很多人出現肛門不適，陰囊潮濕，性功能明顯減退;化驗前列腺液，精液標本中培養出支原體衣原體陽性。

男性衣原體感染一般潛伏期比淋病長，約1-3周或數月，主要表現為尿道內不適，刺痛及燒灼感，并伴有不同程度的尿頻、尿急、尿痛，尿痛較淋病為輕。