巨細胞病毒性葡萄膜炎可能跟其它疾病混淆，詳細如下　　其他病毒諸如單純皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒等都可引起相似的視網膜病變、其他病原體感染(如弓形蟲、真菌感染)、一些其他類型的葡萄膜炎和非炎癥性疾病也可表現出視網膜炎，在鑒別診斷時都應考慮在內。根據不同疾病的臨床表現、適當的培養和血清學檢查可以將這些疾病與CMV性視網膜炎區別開來。　　水痘-帶狀皰疹病毒所致的急性視網膜壞死綜合征在初期通常伴有明顯的葡萄膜炎和玻璃體混濁;壞死病灶通常起始于周邊視網膜，并波及整個周邊部視網膜，隨后向后極部推進，從后極部開始發病者非常罕見;患者通常有明顯的視網膜血管炎，以動脈炎為主;后期易發生視網膜脫離。這些特點都有助于與CMV性視網膜炎相區別。　　弓形蟲病所致的視網膜炎病變通常呈黃白色，活動性病灶邊界不清，常出現于陳舊性視網膜脈絡膜瘢痕的周圍，形成所謂的“衛星”病灶。玻璃體通常有明顯的炎癥體征，很少伴有視網膜出血，偶然在眼前段出現明顯的炎癥體征。可出現沿著視網膜血管的炎癥細胞沉積。弓形蟲視網膜炎通常不伴有全身疾病，并且常發生于免疫功能正常的個體。　　真菌性視網膜炎典型地表現為單一的或多發性的絨毛狀的、分散的視網膜損害，并伸向玻璃體腔，視網膜和玻璃體的病變呈黃白色，中心致密有絨毛狀外觀，位于視網膜或接近視網膜的玻璃體內可以形成膿腫，沿著血管可看到炎癥性沉積物。內源性的念珠菌眼部感染常見于體質虛弱者，中心靜脈留置營養導管者、使用糖皮質激素或免疫抑制藥者以及濫用靜脈內注射藥物等患者均易于發生此病。