嬰兒及老年人患腦干腦炎可能會致命，但其他年齡的人患腦干腦炎則可能會完全復原，有時候是在經過長時間患重病之后復原。雖然腦干腦炎可能造成腦的永久性損害，但產生嚴重后果的百分比卻不高。臨床特點包括：常有前驅感染史，急性或亞急性起病，主要表現為多顱神經損害、共濟失調、長束征、意識障礙。由于造成腦干腦炎的其他病毒，大多對抗生藥物沒有反應，因此基本的治療是采取一些措施，使癥狀緩和下來，讓身體的自然防御力量去克服感染。在大多數情況下，只要保持舒適，營養充足就行了。有時候，類固醇藥物能夠抑制發炎。如果已昏炎不醒，用鼻胃管給喂食，用呼吸機來協助呼吸。嚴重腦干腦炎可能恢復得很慢，可能需要接受特種治療、學習。諸如把話說得清楚等基本技能。

視力下降、頭痛：中醫認為是肝火旺導致抽搐：中醫認為是肝風內動導致頭痛：建議服用龍膽瀉肝膠囊/丸視力下降：建議服用復明片抽搐：建議服用鎮肝熄風顆粒/丸注意：近期禁忌吃辛辣刺激性食物，宜多吃涼性蔬菜、水果