臨床治療大多選用聯合用藥,治療期間不吃辣的食物.寄居人體的支原體多為非致病菌或條件致病菌,有的參與人體正常菌群的構成,如陰道正常菌群可包括Uu,Mh,分離率約為15～16.8%.但Uu,Mh,Mg等也是條件致病菌,能引起尿殖道感染和不育癥;Mf雖對正常人不致病,但可協同HIV致病.可見有些支原體可隨量的增多,宿主轉換或定位轉移等,從不致病轉為致病.所以,應重視對支原體感染作定性,定量和定位分析,重視地區性藥敏報告,為臨床正確選藥和確定治療方案提供依據.同時治療性伴侶,以防反復感染及慢性遷延.治療選藥Mf對喹諾酮類,克林霉素,奧復星,阿奇霉素,甲紅霉素,多西環素等敏感,對四環素敏感性稍差,所有菌株對紅霉素均耐藥,對慶大霉素,鏈霉素也耐藥.文獻報道一例無HIV感染,免疫功能正常的Mi株感染的男性病人,經過6周多西環素治療（300mg/d）病人完全恢復.治療全身性感染,除抗生素外尚需自身免疫功能正常,而AIDS患者自身免疫功能差,故治療困難.