臨床專家指出，非淋菌性尿道炎發病緩慢，病程較長，比淋病更容易引起合并癥，一旦合并前列腺炎，治療將很困難。因此，非淋菌性尿道炎一定要及早治療，徹底治愈，以免發生合并癥。非淋菌性尿道炎治療一定要連續用藥，不要間斷，停藥不能過早，藥量一定要充足。所用藥物盡量選用對沙眼衣原體和支原體都有效的藥物。常用的藥物有四環素、二甲胺四環素，強力霉素和紅霉素。具體方案如下：無合并癥的非淋菌性尿道炎病人的治療，可用下列任一藥物口服。(1)四環素，口服每日4次，每次0.5克，用一周后改為每次服用0.25克，每日4次，再服2周。(2)二甲胺四環素(商品名美滿霉素)，口服每日2次，每次100毫克，連續服用3周。(3)強力霉素，口服每日2次，每次100毫克，連續服用3周。(4)紅霉素，用法與四環素相同。(5)氟哌酸口服，每日2次，每次200毫克，連續服用2周。孕婦和哺乳婦女的非淋菌性尿道炎治療：首選紅霉素，口服每天4次，每次0.5克，至少服用7天，一般連續服用3周。禁止用四環素、二甲胺四環素、強力霉素。同時患有淋病的非淋菌性尿道炎的治療：先以青霉素或壯觀霉素或頭孢霉素治療淋病，然后再給予四環素或紅霉素治療非淋菌性尿道炎，或者兩病采取聯合用藥治療。有合并癥的非淋菌性尿道炎的治療：多采用2種藥物聯合治療，如美滿霉素與氟哌酸合用，療程至少4-6周，尤其是并發男性前列腺炎時，治療時間需要更長，一般為3-6月。治療過程中要注意的問題：有的病人癥狀持續存在，或癥狀消失后又復發，或反復發作，多半是與有傳染性的性伴侶保持性接觸有關。因此，對所有的非淋菌性尿道炎患者的性伴侶都應進行檢查，在兩者徹底治愈前應避免性接觸。