乙肝抗病毒的治療目標是延緩疾病進展、減少肝硬化、肝癌的發生，這才是乙肝抗病毒的根本目的。在進行口服抗病毒治療的患者中，大三陽患者總療程至少要2年，而小三陽患者的總療程至少2.5年，同時指出，療程越長，復發率越低。近期國內的一項萬人調研結果顯示：在口服抗病毒患者中，52%患者自行停藥，自行停藥的患者種有57%的患者病情加重。目前的抗病毒藥物對這個模板鞭長莫及。用藥后，HBV的復制被抑制了，模板照樣存在，一旦停藥，HBV就會再度復制。這就是乙肝難治的根本原因。

關鍵治療措施是堅持長期抗病毒治療，經過長期抗乙肝病毒治療，不但乙肝病毒被抑制，而且失代償期肝硬化經過長期核苷酸類似物抗病毒治療和對癥處理后，6個月后可以有效減輕臨床癥狀或減少肝硬化相關并發癥，早期肝硬化不但可以明顯好轉，有的甚至可以逆轉以致肝硬化基本消失抗病毒治療開始后早期每2-4周檢查一次肝功能，降酶藥盡量不用，可使用一些易善復等保肝藥，如上升明顯，應該使用保肝降酶藥，總膽紅素不管上升多少，都必須使用退黃藥。