胃腸道功能紊亂的臨床特點，特別是病情常隨情緒變化而波動，癥狀可因精神治療如暗示療法而暫時消退，提示有本癥的可能性。必須強調指出，在診斷此癥前必須排除器質性疾病，尤其是胃腸道的惡性病變，以IBS為例，多數患者情緒緊張，就醫時述訴繁多，滔滔不止，有的將癥狀寫在紙上，唯恐遺漏，醫生首先應耐心聽取和分析患者的陳述，仔細進行體格檢查和常規化驗，包括血常規，血沉，糞常規，糞隱血蟲卵和細菌培養，纖維結腸鏡及結腸氣鋇雙重造影，除外結腸癌，炎癥性腸病，憩室炎，痢疾等，有持續腹痛伴體重減輕者應作全消化道鋇餐攝片除外克隆病，餐后持續上腹痛者作膽囊超聲，懷疑胰腺疾患時作腹部CT及淀粉酶測定，懷疑乳糖酶缺乏癥時應作乳糖耐量試驗；小腸粘膜活檢除外小腸粘膜疾病；結腸粘膜活檢除外結腸炎，初步診斷為此癥后，還須密切隨訪，經過一段時間，才能確保診斷無誤。

胃腸道功能紊亂，一組胃腸綜合征的總稱，多有精神因素的背景，以胃腸道運動功能紊亂為主，而在病理解剖方面無器質性病變基礎，因此也不包括其他系統疾病引起的胃腸道功能紊亂。臨床表現主要在胃腸道涉及進食和排泄等方面的不正常，也常伴有失眠、焦慮、注意力渙散，健忘、神經過敏、頭痛等其他功能性癥狀，胃腸道功能紊亂相當常見，目前國內尚缺乏有關發病率的精確統計。在各種臟器的神經官能癥中，胃腸道的發病數最高，多見于青壯年。