根據你提供的病歷資料看，患者病情較為嚴重的，二次腦出血造成腦疝并腦室里積血，長期昏迷是肯定的，發熱是這類疾病的常見并發癥，原因有很多。患者發熱的原因有以下幾種可能：1、術后第二天即發熱可能是顱內積血，手術應激造成的發熱，暫不能考慮感染。2、后來繼續發熱要考慮是否是肺部感染和顱內感染的可能，根據你的資料看，腦脊液檢查白細胞較多很可能合并了顱內的感染。肺部聽診無異常并不能說明沒有感染的，可能是真菌感染造成的，應該拍X片或胸部CT并做痰培養。3、沒有看到你提供的血常規單子和尿常規的單子，是否合并泌尿系的感染目前不知道。4、術后三周即出現菌群失調是如何判斷的，如果確實出現了菌群失調的話，說明之前的抗生素是用的過量了，其低熱可能是真菌感染或其他微生物感染。5、腸道是否菌群失調還沒有一個判斷，建議檢查大便常規，適當給與正常菌群雙岐桿菌和絡氨酸桿菌。6、中樞性的高熱，腦出血術后可能損失了下丘腦的體溫調節中樞造成體溫調節的紊亂，可以排除其他感染的情況下考慮中樞性的高熱，治療主要是物理降溫。7、停用一切抗微生物的藥物三天，觀察熱型再作出進一步的判斷。8、手術后的復查CT情況如何希望能夠提供。建議請資深中醫會診，給出個中醫的治療方案，扶正祛邪，清熱利濕可能有效的。

蛛網膜下腔出血2次，腦疝，去骨瓣減壓術后發熱的原因：1，腦脊液中的血刺激，引起發熱2，呼吸系統感染。盡管聽診沒問題，但是肺感染估計是有的。術后2周癥狀加重，考慮梗塞的可能性大用物理降溫，患者可適當給冬眠