乙肝病毒的繁殖是以復制形式進行的，它在人體細胞內或肝細胞核內不斷地復制零件，然后再把這些零件組裝成完整的病毒顆粒，在復制時還要有一個模子，學術名詞稱為模板，又叫ccc-DNA，它比較穩定地深藏在乙肝病毒的細胞核內，不斷復制病毒釋放入肝細胞漿和血液中。難治的另一些原因是慢性乙肝的發病機制還沒有全部搞清，HBV復制的細節也不十分清楚。部分乙肝患者常合并丙肝病毒、丁肝病毒的混合感染，或伴有脂肪肝、膽道感染等疾病，或因治療過度引起藥物性肝損傷，都會增大治療的難度。

乙肝治療的難治性和復雜性，決定了乙肝治療的長期性。據研究，HBV復制的速度特別快，它們不但寄生在肝細胞內，有時也會寄生在膽管上皮細胞以及腎臟、胰腺、骨髓等處的組織細胞中，而我們應用的抗HBV藥物主要是抑制血液中的病毒，而在肝細胞內和其他肝外細胞內的HBV被抑制的效果和療效不如血液中明顯。因此，只要長期抗病毒治療才能達到最大限度地抑制體內的病毒。乙肝患者一方面要相信科學、樹立信心，在任何艱難情況下都要和醫師配合，將治療進行到底。同時，要勇敢地接受現實，迎接挑戰，并做好長期作戰的心理準備，不要指望速戰速決。