盡管如此,不完全囊壁切除可改善臨床癥狀,術后復查可見囊腫縮小。囊腫復發往往是由于術者過于保守,囊壁切除過少,囊腔再次閉合。分流手術的優點是技術簡單、并發癥少及死亡率低,囊腫體積的減小是逐步的;其缺點是感染和分流管機械性并發癥。應注意,大囊腫術后影像學隨訪多見囊腫縮小,少見囊腫完全消失,這并不意味手術治療無效。因為腦組織長期受壓發生萎縮,不可能完全膨隆和復位。這些病人臨床癥狀和腦積水多緩解。

蛛網膜囊腫的治療仍存在爭論。對無顱內壓增高癥狀或局灶癥狀者有主張保守治療,因為手術探查和囊腫切除可并發術后血腫和感染,甚至死亡。另一方面,觀察到蛛網膜囊腫病人輕度腦外傷易引起顱內出血,有主張對無癥狀者亦需手術。目前較為統一的手術適應證為：①囊腫增大,合伴腦積水,或合伴硬膜下血腫引起的顱內壓增高癥狀;②囊腫相關的局灶神經癥狀或癲癇。手術分直接手術和間接手術兩種。前者通過開顱或內鏡手術將囊壁切除或將囊腫與蛛網膜下腔、腦室交通;后者使用分流裝置將囊液引流至腹腔。囊壁切除術理論上最為合理,但因囊壁與正常神經結構嚴密粘連,很少能全切除囊壁。