原發性肺球孢子菌病一般不需要治療。免疫功能低下的輕癥患者可口服酮康唑400mg/d，癥狀較重遷延不愈或有播散高危因素患者，可給予兩性霉素B(總量500～1000mg)或酮康唑治療以防播散和慢性化。慢性進行性球孢子菌肺炎，用兩性霉素B每天0.5～0.7mg/kg或隔天1mg/kg，靜脈注射至病情初步控制，常需10～12周?，以后減為1mg/kg3次/周總量≥30mg/kg。酮康唑可以改善癥狀但停藥后可能復發，一般可用400mg/d，根據臨床反應和毒性反應，逐漸增至10～20mg/kg，療程3～6個月或更長。粟粒樣肺球孢子菌病一經診斷，應立即用兩性霉素B劑量快速達到每天0.4mg/kg以上，合并腦膜炎患者，需加用鞘內注射。氟康唑亦有一定療效。對重癥、播散型患者，綜合治療有助于改善病情可用轉移因子(TF)等。肺球孢子空洞持續6個月以上伴有反復咯血繼發感染或高?；颊?糖尿病)的癥狀性空洞，可行外科手術治療。