選擇有效抗菌藥，用常規劑量作2周。給藥后如癥狀于48～72小時內無明顯好轉者，或尿菌陽性者，應另選有效藥物治療。治療結束后5～7天復查尿菌，如仍陽性，則換另一種有效抗菌藥，治療2周。然后再作尿菌復查。

腎盂腎炎主要是由于細菌感染引起的，多伴有下尿路炎癥，出現尿路刺激癥，還會出現低熱，腎盂腎炎的治療主要是系統的用抗生素進行治療，避免勞累，下身不疼了不代表好了，建議再做一下尿常規分析，如果有必要再繼續治療一段時間。如果是慢性腎盂腎炎，以后可能會導致腎功能下降出現腎功能不全。

腎盂腎炎是由各種病原微生物感染直接引起腎小管、腎間質和腎實質的炎癥。主要為非特殊性細菌，其中以大腸埃希氏桿菌為最多（占60－80％）,其次為變形桿菌、葡萄球菌、糞鏈球菌、產堿桿菌、少數為綠膿桿菌；偶為真菌、原蟲、衣原體或病毒感染。有報告一些腎盂腎炎。特別是慢性期病灶和腎疤痕組織中，存在某些病原體的抗原成分，有些還可尋到免疫復合物沉積，結合致病菌有抗體包裹以及腎組織中有淋巴細胞和單核細胞浸潤等事實，表明腎盂腎炎的發病機理中存在著免疫反應性損害。