SLE是需要系統治療的疾病，它會引起多系統器官的損害，所以需要正規治療，如果治療效果好，可以月經正常，甚至可以懷孕生子的，所以建議繼續在內分泌科醫生的指導下用藥，不可輕易自行停藥。

不良反應骨髓抑制：白細胞減少較血小板減少為常見，最低值在用藥后1～2周，多在2～3周后恢復。對肝功有影響。胃腸道反應：包括食欲減退、惡心及嘔吐，一般停藥1～3天即可消失。

骨髓抑制為最常見的毒性，白細胞往往在給藥后10～14天最低，多在第21天恢復正常，血小板減少比其他烷化劑少見；常見的副反應還有惡心、嘔吐。嚴重程度與劑量有關。2.環磷酰胺的代謝產物可產生嚴重的出血性膀胱炎，大量補充液體可避免。本品也可致膀胱纖維化。3.當大劑量環磷酰胺（按體重50mg/kg）與大量液體同時給予時，可產生水中毒，可同時給予呋塞米以防止。4.環磷酰胺可引起生殖系統毒性，如停經或精子缺乏，妊娠初期給藥可致畸胎。5.長期給予環磷酰胺可產生繼發性腫瘤。6.復方環磷酰胺可減輕嚴重免疫抑制。7.用于白血病或淋巴瘤治療時，易發生高尿酸血癥及尿酸性腎病。8.少見的副作用有發熱、過敏、皮膚及指甲色素沉著、粘膜潰瘍、谷丙轉氨酶升高、蕁麻疹、口咽部感覺異常或視力模糊。

免疫抑制劑中有一類藥物稱之為細胞毒藥物，多屬于抗腫瘤藥，最常用的有環磷酰胺（CTX）、甲氨蝶呤（MTX）和硫唑嘌呤（AZA）等，均對生殖功能有一定影響，其中CTX最嚴重，而且CTX有明確的致畸作用，所以對需生育者應禁用，已用CTX者應停藥半年以上才能考慮生育。在臨床實際使用過程中，環磷酰胺對女性影響小,停藥以后月經可以恢復.但不能因為這個理由而忽視少數會發生月經周期的紊亂、停經，甚或閉經等情況。