乙肝兩對半檢查異常后還需要配合其他檢查來確認治療方式，比如病毒是否陽性(即HBV-DNA是否陽性)、肝功是否正常、肝臟影像檢查是否有肝纖維化甚至肝硬化征像。乙型病毒性肝炎尚缺乏特效治療，一般臨床上能夠達到持續病毒學應答且HBsAg陰轉或伴有抗-HBs陽轉、ALT正常、肝組織學輕微或無病變就算治愈了，如無法獲得停藥后持續應答，抗病毒治療期間長期維持病毒學應答(HBV DNA檢測不到或是持續在一個極低水平內)也算是一個比較理想的治療結果。想要完全清除乙肝病毒DNA是不太現實的。治療主要是抗病毒、免疫調節、抗炎保肝、抗纖維化和對癥治療，乙型肝炎病毒復制明顯的病人用抗病毒藥物，有免疫功能紊亂的用調整免疫功能的藥物，有肝細胞損傷的用保護肝細胞的藥物，有肝臟微循環障礙的用活躍微循環的藥物。只要有適應證且條件允許，就應行規范抗病毒治療。乙型病毒性肝炎病人用藥宜簡不宜繁，選擇抗病毒治療方案時應重視個體化治療。