卵巢囊腫的種類可分為下列幾種

1、功能性囊腫：常見的卵巢囊腫之一，也稱為生理性囊腫，這類囊腫在生殖年齡的女性當中相當普遍。異常量的液體聚集在濾泡內或黃體內，形成濾泡囊腫或黃體囊腫。這種功能性囊腫有時會很大，但不管用藥與否，通常會在三個月內自行消失。

2、出血性囊腫：年輕女性常見的婦科疾病之一，大部分的情況下出血性卵巢囊腫會復原，因此可以先行觀察，不一定需要藥物或手術治療，但有時候出血性卵巢囊腫會合并腹腔內出血，甚至大量出血造成休克，此時就必須緊急手術治療。

3、畸胎瘤：起源于潛在多功能的原始胚細胞，多為良性，但惡性傾向隨年齡增長而呈上升趨勢。發生部位與胚生學體腔的中線前軸或中線旁區相關，多見于骶尾部，縱隔、腹膜后、性腺部位。它會在卵巢內生成毛發、牙齒還有一些油脂類的聚集。由于畸胎瘤本身不會自行消失，而且還有可能不斷的成長， 另有15% 機率會造成卵巢扭轉，所以最好及早切除。一般來說惡性的比率小于千分之一。

4、子宮內膜樣瘤： 腫瘤表面光滑，常為單房，其內壁由一層極似子宮內膜型的高柱狀上皮所構成，周圍的結締組織缺乏子宮內膜間質，在囊瘤的內外也無出血現象。

5、卵巢癌：罹患卵巢癌的機率相當低，但因為位于骨盆腔內，并不容易早期發現。

6、巧克力囊腫（子宮內膜異位瘤）：是指子宮內膜異位癥長在卵巢內，在卵巢內形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。因為子宮內膜異位瘤會隨著時間增加而變大，漸漸侵蝕正常的組織，造成卵巢組織不可逆的損害。經過評估其嚴重性后，可能需要開刀處理。

7、漿液性上皮囊腫及黏液性上皮囊腫：在觀察三個月后，仍然存在的囊腫有可能是屬于上皮卵巢囊腫，而非功能性囊腫。這是因為具有分泌功能的漿液細胞及黏液細胞在排卵后被包埋在卵巢內，不斷的分泌液體形成囊腫。這種囊腫是不會消失的，需要開刀切除。