下列則是引起陰莖疼痛較不常見的原因

1、陰莖癌—要辨認陰莖癌并不困難，從器官的表面就能看得出形成病變的組織。除非是受到感染，否則陰莖癌通常都不會引起疼痛，治療這個病的方法是實行外科手術。

2、現在已經廣泛地使用人工彌補術來治療陽痿，即以外科手術將管子植入陰莖組織中，使陰莖可以藉此裝置順利勃起。如果彌補術確能達到良好的功能，患者就能重享圓滿的性生活，但是這種人工植入的管子常常會受到感染而引起陰莖疼痛。

3、如果說眼睛發紅及關節疼痛是與陰莖的不適有關聯的，你信不信？這種看似不可能的并發癥狀稱為賴透性癥候群，是一種因身體免疫系統失調所導致的病癥關節疼痛的章。

因此，如果陰莖會痛而且流出分泌物，又有輕微的發燒，關節也會痛，那么請到鏡子前看看自己的雙眼，如果雙眼發紅，那么就可以依此診斷出自己的毛病了。通常幾個星期之后這些癥狀就會自行消失，不需要任何治療。

4、有時很矛盾的是，陰莖的疼痛竟是源自于享樂——因為勃起所導致的疼痛。當血凝塊在勃起陰莖的動脈里形成時，就會阻止血液從陰莖流出以通往身體其他部位去，如此一來，使得陰莖勃起維持的時間遠遠超過需要或是希望的程度，就會形成劇烈的疼痛。

這種被稱為持久勃起（異常勃起）的情形，通常需要以手術來疏解阻塞的狀況。一般以患有白血病（白血球過多癥）及鐮刀狀細胞性貧血癥（Sickle Cellanemia）之類的血液沉淀疾病患者最常發生這種狀況（但是在健康狀況良好的人身上，也可能會發生）。

5、另有一種更普遍而常見的原因會造成陰莖勃起時疼痛——北洛尼氏病，這種毛病指的是在陰莖里有結疤組織形成（至今仍查不出原因為何），若罹患這個病則陰莖勃起時會變彎曲，造成性交困難，或者甚至根本無法進行性交。一般以外科手術就能改善這種狀況。