中醫認為本病多因飲食不節，過食膏粱厚味和辛辣醇酒、肥甘煎炒之品，致使濕熱內生，下注肛門，或因腸燥內結，大便干燥，蘊熱肛門，或因蟲積騷擾而發。西醫認為長期便秘、用努臀、干硬糞塊擦傷或撕裂肛竇及肛瓣，或腸炎痢疾腹瀉，稀便進入肛竇或刺激肛竇和肛瓣，引流不暢而發炎。常見致病菌有大腸桿菌，葡萄球菌、變形桿菌、產氣桿菌、鏈球菌、結核桿菌、銅綠假單胞菌等大腸桿菌占60%~70%。慢性肛竇炎無明顯癥狀者多不就診。
(1)內治法：根據證候辨證施治，或服中西醫成藥或通便止瀉藥物。
(2)外治法：①熏洗：用硝礬洗劑便后和睡前熏洗。②塞藥：熏洗后用消炎止痛栓塞肛。
(3)手術法：局麻下擴肛，用兩葉肛門鏡尋找病灶，以肛竇鉤或彎鉤探針探入肛竇，縱行切開肛竇至皮膚，切開部分內括約肌和外括約肌皮下部，使引流暢，結扎止血后，敷蓋油紗條。