一般治療
1、積極治療原發并，去除病因。
2、嚴格掌握抗生素、糖皮質激素和免疫抑制劑的用藥指征，盡可能少用或不用這些藥物。
3、加強護理和支持療法，補充維生素和微量元素。抗真菌治療：
1、制霉菌素
（1）局部用藥：可制成油劑、霜劑、粉劑、溶液等，濃度為含制霉菌素10萬U/g或/ml基質，依患者具體情況援用一種劑量一型局部涂擦，每日2—4次。
（2）口服：腸道念珠菌病可給予制霉菌素口服，新生兒每日20—40萬U，2歲以下每日40—80萬U，2歲以上每日100—200萬U，分3—4次飯前服用，療程7—10日?？诜灰孜?，全部由糞便排出。不良反應有惡心、嘔吐、輕瀉。
（3）霧化吸入：適用于呼吸系統念珠菌病，制霉菌素5萬U溶于2ml0.9%氯化鈉溶液中霧化吸入。
2、二性霉素B為多烯類抗生素 與真菌胞膜上的固醇類結合，改變膜的通透性，使菌體破壞，起殺菌作用。
是目前治療隱球菌病、組織胞漿菌病和全身念珠菌病的首選藥物，對曲霉素菌病效果較差。