一般講單發結節如果是實性結節，無論有沒有包膜或鈣化及血流異常，超過1厘米就有了外科可以手術的指征，如果不到1厘米，但超聲顯示結節形態不規則，有鈣化或血流異常，也應該手術治療。如果結節是囊腫，則可以放寬到3厘米左右再手術，因為再大就會出現壓迫癥狀，并可能給將來手術帶來困難和增加損傷幾率。另外如結節是高功能性質，無論大小都應該手術。

對于多發結節來講，手術指征可以放寬一些，實性的最大結節可以大于1-2厘米，但是因結節較多是否手術還要看有沒有壓迫癥狀，如出現有憋氣或吞咽困難等話也最好早做手術。如任何一個結節出現有鈣化或血流異常也應該手術。如果對進行藥物治療者，在治療期間結節不見小反而增大增多或出現變化者應該停藥手術。如果患甲狀腺機能亢進者在內科治療后出現結節也應該手術治療。巨大結節性甲狀腺腫或胸骨后甲狀腺腫都應該手術治療。對于以前做過甲狀腺手術現在復發者來講，是否再次手術也可參考上述指征，但大小可以放寬，可以先藥物治療控制，如不行再考慮手術。

其它情況下不論結節大小或多少，只要既往頭頸部曾做過放射治療、有甲狀腺髓樣癌或多發性內分泌瘤Ⅱ型家族史、年齡70歲、男性、結節短期內增長較快或突然增大、結節硬而且邊緣不清、結節固定不動、有頸淋巴腫大、有聲嘶、咳嗽、吞咽困難、呼吸困難等癥狀者都應盡早手術治療。