十二歲男孩陰莖短小可能與多種因素有關，包括遺傳因素、肥胖、激素水平、包莖、隱匿性陰莖等。健康問題不容忽視，身體稍有不適即應就醫，聽從醫生的專業建議進行治療。
1.遺傳因素：遺傳基因在一定程度上影響生殖器官的發育。如果家族中有陰莖發育相對較小的情況，可能會有遺傳傾向。
2.肥胖：身體過度肥胖會導致腹部脂肪堆積，使陰莖看起來相對短小。
3.激素水平：體內雄激素分泌不足可能影響陰莖發育。
4.包莖：包皮口狹窄，包皮不能上翻露出陰莖頭，可能限制陰莖生長。
5.隱匿性陰莖：陰莖體縮藏于體內，凸出外面的只有尖尖的小包皮。
6.發育遲緩：部分孩子發育較晚，暫時出現陰莖短小的情況。
總之，十二歲男孩陰莖短小不一定意味著異常，但需要密切關注。建議家長帶孩子到正規醫院小兒科就診，進行詳細檢查，如激素水平檢測、體格檢查等，以明確原因。必要時可采取相應的治療措施，如激素治療、手術治療等。但治療需在醫生的指導下進行。

你好，十二歲了陰精才一厘米，最好及時去醫院抽血檢查激素六項，排除發育不良的，明確后及時治療的，陰莖的大小，與種族、家族、遺傳、個體差異、以及青春期的營養狀況有關。最好給孩子及時治療。