腹水中前列腺素(PGF2a)分泌增高與不孕。研究發現患者腹水中前列腺素濃度較正常人高。前列腺素的增高可影響卵泡的成熟并造成黃體功能不足。此外，腹水中的前列腺素的增加，可使輸卵管痙攣、節律運動異常及使孕卵發育與蛻膜變化不同步，從而影響受孕卵和著床。自身免疫與不孕。有人對內膜異位癥的血清、宮頸分泌物進行抗體測定，發現患者血清中抗內膜和抗卵巢抗體滴度明顯增高，宮頸分泌物的抗卵巢抗體滴度也增高。同時，患者血清及腹水中C3及C4補體比正常人高，補體增高意味著炎癥的存在。這種引起補體參與的炎癥是針對異位的內膜，是一種自身免疫反應。抗卵巢抗體升高可影響排卵和黃體功能不全，抗子宮內膜抗體升高可影響子宮內膜的改變而不利于孕卵著床。

高催乳血癥。據一組報道14例子宮內膜異位癥，其中7例有乳汁及3例PRL上升。說明不孕的內膜異位癥常合并泌乳和PRL升高，從而影響卵巢功能，導致不排卵。腹水中白介素Ⅰ及Ⅱ增高與不孕。白介素Ⅰ是巨噬細胞產生的一種特異蛋白，能誘導T細胞分化、增殖并產生白介素Ⅱ，還能激發前列腺素合成，使纖維細胞增加，活化及細胞產生免疫球蛋白的功能。異位癥患者腹水存在白介素Ⅰ及白介素Ⅱ，并隨疾病的嚴重而增加。