臨床表現潛伏期～2d數小時至7d。痢疾志賀菌感染臨床表現多較重，宋內痢疾菌感染多較輕，福氏痢疾菌感染病情輕重介于上述菌感染之間，但易轉為慢性。臨床上分急性細菌性痢疾和慢性細菌性痢疾兩種。急性菌痢普通型典型突然發熱、全身不適、惡心、嘔吐，繼而腹瀉。大便初為稀便，以后轉為黏液膿血便。每天排便0一20次或更多，量少，有時純為膿血或呈黏凍狀。常有腹痛，便前加重，便后暫時緩解，便意頻繁，里急后重。體檢常有左下腹壓痛，腸鳴音亢進。急性典型菌痢的自然病程為～2周，大多數可緩解或恢復，少數患者轉為慢性菌痢。中毒型兒童多見，多數病兒體質較好。起病急驟，突起高熱達39~4℃或更高，同時出現煩躁、譫妄、反復驚厥，繼而出現面色蒼白，肢厥冷，迅速發生中毒性休克。驚厥持續時間較長而未能控制者，可導致昏迷，甚至呼吸衰竭。常于發病數小時后才出現膿血便，部分病例腸道癥狀不明顯，往往需經灌腸取黏液膿性物，或肛拭子取黏液鏡檢，才能發現便中有紅白細胞，方得以確診。按其臨床表現可分以下三型。休克型周圍循環衰竭型表現為感染性休克。由于全身微血管痙攣，有面色蒼白、皮膚花斑、肢厥冷及紫紺，早期血壓正常，但亦可降低甚至測不出，脈搏細速甚至觸不到。亦可有少尿或無尿及輕重不等之意識障礙。此型較常見。腦型呼吸衰竭型以嚴重腦癥狀為主，由于腦血管痙攣引起腦缺血、缺氧、譬水腫及顱內壓升高，嚴重者可發生腦疝。表現為煩躁不安、嗜睡、昏迷及抽搐，瞳孔大小不等，對光反應遲鈍或消失。亦可出現呼吸異常及呼吸衰竭。此型較嚴重，病死率高。混合型具有以上兩型之表現，為最兇險之類型，病死率很高。輕型非典型全身毒血癥癥狀和腸道癥狀均較輕，不發熱或低熱，腹瀉每日數次，稀便有粘液但無膿血，輕微腹痛而無明顯里急后重。病程3～7d痊愈，亦可轉為慢性。重型持續高熱，大便次數0次甚至失禁，腹痛劇烈，伴里急后重、惡心、嘔吐，出現脫水、酸中毒、電解質紊亂及意識模糊。