生殖器皰疹的臨床表現多樣，包括水皰、疼痛、瘙癢、潰瘍、發熱等。 1.水皰：初發時，生殖器部位出現群集性或散在的小水皰，皰液清亮。 2.疼痛：水皰破裂后，會有明顯的疼痛，尤其在排尿、行走或性生活時加重。 3.瘙癢：部分患者會感到生殖器部位瘙癢不適。 4.潰瘍：水皰破裂后形成潰瘍，表面可有滲出物。 5.發熱：病情較重時，可能出現發熱、乏力等全身癥狀。 6.淋巴結腫大：腹股溝等部位的淋巴結可能腫大。 總之，生殖器皰疹的臨床表現因個體差異有所不同，一旦出現相關癥狀，應及時就醫診斷和治療。

此病女性多于男性，癥狀也較男性嚴重。在發病人中約10%有咽炎，10%男性與26% 女性的原發性生殖器皰疹病人同時伴有生殖器以外的病損，主要在臂蔀與手指，常見生殖器出現皰疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接種而致。

整個病程可不間斷20天左右。 在男性好發于龜頭、冠狀溝、尿道口、男性生殖器、陰囊、大腿和臂蔀等處。女性好發于陰唇、陰阜、陰蒂、肛周或女性生殖道。約90%的病人，病毒可同時侵犯子宮頸，出現女性生殖道分泌物增多或下腹痛，并可并發宮頸炎和子宮炎。大多數男女病人雙側腹股溝淋巴腫大。后期炎癥波及尿道、膀胱時，可出現排尿困難、杘痌、尿頻、嚴重者可發生尿潴留等現象。此外，還可能有其它癥狀同時出現，如發熱、全身不適、頭痛、頸項強直、腦膜炎和骶部神經系統功能不全。