尖銳濕疣又稱生殖器疣，男性好發于冠狀溝、龜頭、包皮、系帶、尿道口，少數見于陰莖體部。0.5%~5%的男性生殖器疣可由尿道口蔓延至尿道粘膜。男性同性戀者肛周及肛內濕疣較陰莖濕疣多5~7倍，可蔓延到直腸粘膜，這些部位的濕度為HPV感染提供了更為適宜的環境。肛門及直腸內濕疣可有疼痛和里急后重感。女性濕疣好發于大陰唇、小陰唇、陰蒂，亦可見于會陰，約1/3伴有陰道濕疣，6%~20%伴有子宮頸濕疣。陰道和宮頸濕疣早期無明顯癥狀，晚期可出現白帶增多和性交后出血。女性外陰部濕疣由于陰道分泌物的刺激，損害常較男性者尤大。特別是孕婦的尖銳濕疣，疣體更明顯增大，可能與激素代謝的改變有關。

尖銳濕疣患者損害大小及形狀不等，可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害，在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;冠狀溝癢，有惡臭味;有時小的濕疣可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內尖銳濕疣可發生疼痛、便血，而直腸內大的濕疣則可引起里急后重感。