癲癇的病因十分復雜，但隨著醫學科技的快速發展，大部分病因已被人們明確認識，總體來講從病因學上可將癲癇分作三大類，一類是沒有明確病因的癲癇，這一類癲癇占癲癇患者總數20%，大多與遺傳有關，稱為特發性癲癇。第二類為隱源性，考慮存在病因，但現在的醫療技術還查不出來。

1．原發性癲癇在這類患者的腦部并無可以解釋癥狀的結構變化或代謝異常，而和遺傳因素有較密切的關系。2．繼發性癲癇由于多種腦部病損和代謝障礙：原發性癲癇的病因學遺傳可能是原發性EP的主要因素。已發現特發性EP近親患病率為2%~6%，明顯高一般普通人群。提示本病與遺傳基因有關。繼發性EP的病因學（1）先天性疾病：如染色體異常、遺傳性代謝障礙、腦畸形、先天性腦積水。（2）產前期和圍生期疾病：產傷是嬰兒期癲癇的常見病因。（3）高熱驚厥后遺：嚴重和持久的高熱驚厥可以導致包括神經無缺失和膠質增生的腦損害。

癲癇病因復雜多樣，包括遺傳因素、腦部疾并全身或系統性疾病等。遺傳因素遺傳因素是導致癲癇尤其是特發性癲癇的重要原因。分子遺傳學研究發現，一部分遺傳性癲癇的分子機制為離子通道或相關分子的結構或功能改變。腦部疾病先天性腦發育異常：大腦灰質異位癥、腦穿通畸形、結節性硬化、腦面血管瘤病等。