因為懼怕藥物副作用而拒絕服藥的行為，往往會造成病情的進一步惡化，甚至威脅到生命。與藥物副作用相比，病情惡化帶來的影響往往更大，而且藥物副作用有個體差異，不是所有小兒患者都會出現，所以采用藥物治療小兒癲癇必須遵循醫生醫囑，在控制癲癇的情況下，觀察藥物帶來的副作用，及時向醫生反映，必要時調整藥物。此外，由于兒童患者對疾病認識不多，家長更要在全面了解疾病的基礎上，做好疾病治療的教育。

比較常見，尤其對正在生長發育的兒童影響更大。抗癲癇藥物中的苯妥英鈉、苯巴比妥對骨骼的影響最大。此外，有些患者服藥1～2周后出現過敏反應，有些在治療早期出現惡心嘔吐、腹痛腹瀉、食欲減退等消化道癥狀，服用苯巴比妥、苯妥英鈉、丙戊酸鈉等藥物的患者可能出現不同程度的肝臟損害。

抑制血液細胞，可能出現白細胞下降，血小板下降或貧血。據了解，臨床上約1%的病人發生巨細胞貧血或巨紅細胞癥；粒細胞減少及粒細胞缺乏的發生率為1%～5%，早期多見；血小板減少及凝血機制障礙發生率為1%。不少患者治療初期最常出現嗜睡；服用巴比妥類及安定類藥物者多見興奮、活動過多、攻擊行為、焦慮、失眠等情況；長期服用抗癲癇藥物還可能出現頭暈眼花、走路不穩等小腦綜合征的表現；行為異常、情緒改變、腦電圖上出現慢波增多、高幅波等亞急性、慢性腦病。