紅斑狼瘡是一種很復雜的疾病，需要專門從事本病研究的醫生經過全面深入的了解患者的病情后，再結合每位患者的不同變化給予個體化治療，并不是千篇一律用一種統一的模式治療就能解決問題，同時還需要患者及家屬在飲食調護諸多方面共同配合，才能達到最佳治療效果，否則在療效及預后上將大折扣。一般來說，紅斑狼瘡的治療方法有以下幾種；
1、非甾體類抗炎藥：如消炎痛、阿斯匹林、萘普生、芬必得等，這類藥主要于發熱、關節痛、肌痛、乏力等癥狀而無明顯臟器損害的患者，但因其對肝腎易造成損害，故對狼瘡性腎炎患者使用時應特別小心。
2、抗瘧藥：并不是所有的抗瘧藥都可以治療紅斑狼瘡，這里主要指氯喹，羥基氯喹等。該類藥具有抗炎，免疫抑制作用，對人體具有光保護作用，可以緩解紅斑狼瘡患者的皮膚損害，對控制皮疹，并節癥狀，光敏感有一定的作用。是治療盤狀紅斑狼瘡的主藥。
3、糖皮質激素類（簡稱：激素類）藥；盡管糖皮質激素長期應用不少副作用，但對大多數紅斑狼瘡患者來說，選擇此類藥物仍是最重要的治療方法，尤其對急性或暴發性狼瘡或有腎、心、腦、肺等主要臟器損害者更應適時、足量應用，其用藥原則是早期，足量，并持續用藥，早期用量大，隨病情好轉應逐漸減量。減量速度應根據病情恢復程度而定，多數患者一年以后能以5-15mg以下劑量維持。
4、免疫抑制劑：此類藥常與糖皮質激素聯合應用，也可單獨使用，主要適用于狼瘡性腎炎，狼瘡肺，中樞神經系統受累的患者，對于撤減激素后疾病易復發，激素有效但用量過大出現毒性作用者也較為適宜。
這類藥毒副作用較大，特別是引起骨髓抑制及肝腎功能損害，應用期間應定期檢查血常規及肝腎功能指標。此類藥目前常用的療效可靠的是環磷酰胺（CTX），其主要副作用是骨髓抑制、性腺萎縮、致畸胎等。目前尚有用其他免疫調節劑治療紅斑狼瘡的，如胸腺肽、轉移因子等，也有使用肝素治療狼瘡腎炎的報道。