1. 手術療法 　　對于單發、面積小的濕疣，可手術切除;對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除干凈。 　　2. 冷凍療法 　　利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用于數量少，面積小的濕疣，可行1-2次治療，間隔時間為一周。 　　3. 激光治療 　　通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發或少量多發濕疣可行一次性治療，對多發或面積大的濕疣可行2-3次治療，間隔時間一般為一周。 　　4. 電灼治療 　　采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然后電灼，本療法適應數量少，面積小的濕疣。 　　5. 微波治療 　　采用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重復凝固一次。 　　6. β-射線治療 　　我們應用β-射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發率低，在臨床上有推廣價值。

治療方法是通過激光去除疣體，配合抗病毒治療和免疫抑制劑的應用就可以避免復發，抗病毒用干擾素。

目前也沒有很好的辦法治療，只有物理治療，另外配合口服抗病毒藥物對癥治療為主，但是很容易反復發作。