任何手術都可能會受到某些超自然因素的影響而產生各種各樣的并發癥，特別是癲癇手術操作的部位多位于大腦的功能區域，所以術后可能會出現肢體、語言功能的障礙、顱內的血腫等，盡管并發癥發生的機率很少，但每一個病人都有發生的可能，出現后要進行積極配合醫生的治療。 但是患者及其家屬對于手術治療一定要抱著一個正確的認識。

并不是所有癲癇患者都可以進行手術治療的；如果醫生建議您手術治療，多半情況下，是您的病情通過手術能夠達到最大的治療效果。一般情況下，部分病人不能進行手術，需要埋植皮層電極返回病房繼續觀察，這主要是由于癲癇手術是一種不定式的手術，大部分病人需要進行術中的皮層電極檢查，如果皮層電極與術前的檢查不一致，特別是不能確定癲癇部位時可以會出現這種情況。

目前普遍認為，只有當癲癇影響病人的日常生活時才考慮手術治療。若癲癇僅在夜間發作，則不會對病人日常生活產生大的影響。一般情況下，經抗癲癇藥物的系統治療后，癲癇仍頻繁發作的病例，醫生才會建議患者考慮手術。對于癲癇發作的頻率并無明確規定，一般認為多于一次 / 月。對于發作只有數次 / 年的病例，需要數年的時間判斷治療是否有效，不然手術的價值就不易評估了;當治療藥物濃度已給病人帶來嚴重的毒副作用時，應考慮手術治療。