生殖器皰疹潛伏期后，男性龜頭、陰莖、尿道口、陰囊和大腿、臀部等處，女性陰唇、子宮頸、外陰等處出現灼熱感或刺痛，生殖器皰疹患者隨即出現紅斑伴群集瘙癢的小紅丘疹并迅速變為多發性水皰，亦可變成膿皰。生殖器皰疹癥狀為自覺局部灼熱感、瘙癢、疼痛明顯，并可有排尿困難(及步行困難。

生殖器皰疹原發損害是1個或多個小而瘙癢的紅丘疹，迅速變成小水皰，3-5天后可形成膿皰，破潰后形成糜爛、潰瘍、結痂，伴有疼痛。皮損單發或融合，男性好發于龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口，女性多在陰唇、肛周或陰道發疹，約 90%同時侵犯子宮頸，也可累及直腸粘膜。治療生殖器皰疹，需要患者改掉以前的飲食習慣，注意一些辛辣的食物盡量少吃，在生活中，如果患者比較喜歡吃辛辣刺激性食物，一定要改變自己的飲食習慣。生姜、辣椒、羊肉、牛肉及煎炸食物等辛辣溫熱之品，食后易助火生熱，中醫認為，本病為濕熱火毒蘊結肌膚所生，故皰疹患者應忌食上述辛辣食品。

生殖性皰疹潛伏期短，早期沒有典型臨床癥狀，不容易被發現。生殖器瘙癢已經僅有的癥狀，后期紅疹數目增多后，瘙癢癥狀更為明顯。數日后，紅疹變為水皰，潰破、糜爛，流出膿性液體，侵及其他位置，又再起紅疹。紅疹變為水皰，結痂后疾病即康復。生殖器皰疹患者可以選擇相應的藥物來治療，藥物可以在一定程度上緩解或改善不適癥狀。在治療期間，患者不要吃芹菜、干姜、八角、桂皮、韭菜、大蒜等辛辣食物，不要吃炸薯條、炸雞翅、炸蝦、炸面包等煎炸食物，不要吃肥肉、臘腸、動物內臟、奶酪等肥膩食物。