生殖器皰疹具有潛伏期，一般來說，大約是在3～14天左右，平均大約是在6天。主要的發病部位就是龜頭、冠狀溝、包皮、陰莖；而對于女性的生殖器皰疹疾病來說，最常見的癥狀就是外陰、宮頸、肛周及臀部，主要的表現形式就是粟粒大丘疹、水皰，可彼此融合成片。生殖器皰疹患者應避免局部的搔抓，不可用刺激性太強的方法，患病后需注意預防感冒、著涼、勞累，以減少復發。注意衛生。對損害局部的護理，應保持清潔和干燥，防止繼發感染。龜頭包皮部皰疹活動時可用丁字帶固定，防止行走時受摩擦而破潰。

生殖器皰疹開始局部先有灼癢及輕度緊張感，偶有伴發神經痛。隨即出現紅斑，在紅斑基礎上發生簇集性小丘疹，迅速變為粟粒至綠豆大小的水皰，內容澄清，水皰破裂后出現糜爛面，數日后干燥結痂。自覺灼癢，偶有倦怠，不適和輕微發熱等全身癥狀，愈合可遺留暫時性色素沉著。生殖器皰疹患者應避免局部的搔抓，不可用刺激性太強的方法，患病后需注意預防感冒、著涼、勞累，以減少復發。注意衛生。對損害局部的護理，應保持清潔和干燥，防止繼發感染。龜頭包皮部皰疹活動時可用丁字帶固定，防止行走時受摩擦而破潰。

生殖器皰疹原發損害是1個或多個小而瘙癢的紅丘疹，迅速變成小水皰，3-5天后可形成膿皰，破潰后形成糜爛、潰瘍、結痂，伴有疼痛。皮損單發或融合，男性好發于龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口，女性多在陰唇、肛周或陰道發疹，約 90%同時侵犯子宮頸，也可累及直腸粘膜。由于生殖器皰疹與不潔性生活有關，所以在治療期間要注意避免再次傳染，同時也為了傳染給其他人，所以要禁止性生活。發熱、月經、精神創傷、酗酒、食物都是誘發或者加速生殖器皰疹的因素，所以在避免這些情況的發生。