一般情況下，在得了生殖器皰疹之后，癥狀多在4-5日后發病，患者的生殖器在初期一般就會出現片狀的紅斑，隨著病情的發生繼之出現群集性綠豆大小、發亮水泡，排列成帶狀，水皰間皮膚正常，皰液由透明變混濁，以后干燥結痂，受累神經分布區域皮膚灼熱、瘙癢、感覺過敏或疼痛，有時為劇烈疼痛，直至病損消失后還可持續數月或更久。在患病期間，少食辛辣油膩食品，因為生殖器皰疹活動期的皮損表現屬于中醫學中的熱證，而辛辣之品有助熱發散的作用，可以加重局部癥狀；在病毒靜止期，可以多進食一些富含蛋白質和維生素的食品，并且鍛煉身體，以增強體質，增強免疫力，減少復發。

皰疹大部分都生在患者男性生殖器的龜頭、冠狀溝、、陰莖體、尿道口和陰囊等部位。患病初期會出現火熱，疼痛，而且病情會蔓延到臀部、股部位置。患者的外陰還會長出丘疹、水孢。而且水孢比較容易破損，破損后會出現潰爛或者淺潰爛。經過4-5天后，破損的水孢會結疤，但是在10天之后破損的地方就會康復。由于生殖器皰疹與不潔性生活有關，所以在治療期間要注意避免再次傳染，同時也為了傳染給其他人，所以要禁止性生活。發熱、月經、精神創傷、酗酒、食物都是誘發或者加速生殖器皰疹的因素，所以在避免這些情況的發生。

病損部位及特點生殖器皰疹潛伏期后，男性龜頭、陰莖、尿道口、陰囊和大腿、臀部等處，女性陰唇、子宮頸、外陰等處出現灼熱感或刺痛，生殖器皰疹患者隨即出現紅斑伴群集瘙癢的小紅丘疹并迅速變為多發性水皰，亦可變成膿皰。生殖器皰疹癥狀為自覺局部灼熱感、瘙癢、疼痛明顯，并可有排尿困難(常常并發膀胱炎)及步行困難。如果患者去醫院治療過并且好了，也不要大意，應該隔段時間去醫院做一次檢查，避免長出來的可能。