最初患者有一些灼痛的感覺，隨著病情的發展會在之前紅斑的地方長出小水皰而且是成群狀。男人多在包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖等部位，有時候也出當下尿道及其周邊口。女人患者的小水皰多見于陰唇、宮頸、陰蒂、陰道等地方。這些水皰逐漸化膿，初步時間后破潰，從而形成糜爛或者較淺的潰瘍。生殖器皰疹患者飲食最好以清淡為主，高纖食品最好多吃一些，用檸檬泡水喝會比較好，對于檸檬汁用來擦長疹子的地方也會有效果。禁止吃發類的物質：如牛肉、羊肉 、狗肉等。皰疹患者對油膩的食物也最好不要吃，辛辣溫熱食物也不要吃太多。這些食物易引起皰疹病毒感染，加重患處的病情，導致皰疹的發生。

生殖性皰疹潛伏期短，早期沒有典型臨床癥狀，不容易被發現。生殖器瘙癢已經僅有的癥狀，后期紅疹數目增多后，瘙癢癥狀更為明顯。數日后，紅疹變為水皰，潰破、糜爛，流出膿性液體，侵及其他位置，又再起紅疹。紅疹變為水皰，結痂后疾病即康復。去正規醫院檢查，一般日常生活不會傳染生殖器皰疹，但是應該對生活用品的消毒隔離，內衣內褲要勤換洗，不能與家人衣物混洗，浴盆要分開使用，避免傳染給家庭內其他成員。

在早期，若是癥狀表現不明顯的生殖器皰疹，會出現外陰瘙癢，灼痛或性交后疼痛等不適癥狀。多發性鱗狀上皮增生，一開始是散在或者是簇狀增生粉色、白色小乳頭狀的疣，柔軟，有細指樣突起。增大之后呈雞冠狀、菜花狀、桑葚狀。平常多個人衛生，未好之前禁止發生性行為，勤洗患處，不使用別人的內衣、泳裝及浴盆;在公共浴池不洗盆浴，提倡淋浴，沐浴后不直接坐在浴池的坐椅上;在公共廁所盡量使用蹲式馬桶;上廁所前后用肥皂洗手。