患者感染生殖器皰疹，會出現全身不適，發熱，頭痛，全身關節和肌肉疼痛，這些癥狀可持續很多天，在病發期間或病發之后，生殖器部位可出現紅斑。生殖器皰疹初發時，患者沒有及時治療，一個月左右后皰疹會自愈，但是患者沒有意識到生殖器皰疹很容易復發，不采取治療措施，就容易導致疾病反復發作。

生殖器皰疹會導致患者有不孕不育情況發生，女性與患有陰莖皰疹的男性發生性行為，約有80%可受感染，而女性生殖器皰疹可以引起子宮內hsv感染和新生兒感染，甚至造成胎兒畸形，流產，或者胎死腹中的現象。患上生殖器皰疹會給患者造成一定的心理壓力，加上沒有找到有效根治生殖器皰疹的方法，常會使患者背上沉重的心理包袱，他們苦惱于病痛的困擾，還擔心傳染給自己的伴侶，不愿與異性接觸，導致性功能障礙，害怕癌變，久而久之甚至出現抑郁癥。

生殖器皰疹不及時治療有可能引起一系列并發癥，嚴重危害患者身體健康，常見的并發癥有播散性皰疹，皰疹性腦膜炎，前列腺炎，男性不育癥，脊髓神經根疾病等，在艾滋病高發的地區，生殖器皰疹還可能增加艾滋病病毒感染的危險。此外，生殖器皰疹還容易與淋病，非淋菌性尿道炎，梅毒，尖銳濕疣等疾病混合感染。