在早期，多數患者一般無癥狀。損害大小及形狀不等，可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害。在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的生殖器皰疹可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內生殖器皰疹可發生疼痛、便血，而直腸內大的生殖器皰疹則可引起里急后重感。由于生殖器皰疹與不潔性生活有關，所以在治療期間要注意避免再次傳染，同時也為了傳染給其他人，所以要禁止性生活。發熱、月經、精神創傷、酗酒、食物都是誘發或者加速生殖器皰疹的因素，所以在避免這些情況的發生。

在早期，若是癥狀表現不明顯的生殖器皰疹，會出現外陰瘙癢，灼痛或性交后疼痛等不適癥狀。多發性鱗狀上皮增生，一開始是散在或者是簇狀增生粉色、白色小乳頭狀的疣，柔軟，有細指樣突起。增大之后呈雞冠狀、菜花狀、桑葚狀。在患病期間，少食辛辣油膩食品，因為生殖器皰疹活動期的皮損表現屬于中醫學中的熱證，而辛辣之品有助熱發散的作用，可以加重局部癥狀；在病毒靜止期，可以多進食一些富含蛋白質和維生素的食品，并且鍛煉身體，以增強體質，增強免疫力，減少復發。

生殖器皰疹在早期，會出現錐狀小肉粒小丘疹，一般發生在外生殖器、肛周，多數是粉紅色、菜花狀，其表面很脆，用手很容易弄掉，同時也是很容易出血及感染。皮膚表面出現米粒大小的疣體，會隨時間增長，可達到直徑10多公分，而且生長迅速，有的會像菜花大小。生殖器皰疹患者要避免性亂，潔身自好，這樣能減少絕大部分的感染機會。洗浴后不直接坐在公共浴池的坐椅上;在公共廁所盡量使用蹲式馬桶。講究衛生，每日清洗外陰，換洗內褲。在平常生活中做到營養均衡膳食搭配，應該吃一些高蛋白富有營養的食物，還需要吃一些水果和蔬菜補充人體的維生素和礦物質。