生殖器皰疹治療分一般性治療、抗病毒治療。這些治療都是必要的。一般性治療事實上是對癥治療，而抗病毒治療是對因治療，生殖器皰疹該如何治療，選擇科學合理安全有效的治療方法是關鍵，這樣才能一次性治愈除根，恢復健康。

單純皰疹是由單純皰疹病毒感染引起的.單純皰疹病毒最大的特點是,這種病毒很難被“斬盡殺絕”,總有一少部分病毒在體內潛伏下來,伺機作亂.這些病毒何時再次致病很難預料,一般情況下發熱,情緒緊張,月經,妊娠等因素都可能引起發病或復發.發病后即使不經治療,患者2—4周后也可自愈,只是部分病毒仍然潛伏在體內.目前對這種由單純皰疹病毒引起的疾病,沒有很好的藥物治療,發作時主要使用各種洛韋類抗病毒藥,如阿昔洛韋等.主要還是要保持良好的情緒,避免勞累等.

治療的目的主要是緩解癥狀，減輕疼痛，縮短病程及防止繼發感染等。目前治療分一般性治療、抗病毒治療及中醫中藥治療，這些治療都是必要的。一般性治療事實上是對癥治療，而抗病毒治療是對因治療，中醫中藥治療多通過辨證施治，標本兼治，有效地阻止復發。可以適當服用無環鳥苷（阿昔洛韋片）或三氮唑核苷。性伴侶未同時治療，平時多運動，增強體質，提高自身免疫力。