磁共振檢查對身體的影響通常較小，主要包括磁場影響、噪音影響、心理影響、對比劑影響及幽閉恐懼癥影響等。 1. 磁場影響：磁共振檢查依靠強大磁場工作。但一般來說，正常檢查時的磁場強度在安全范圍內，不會對人體造成直接損害。 2. 噪音影響：檢查過程中設備運行會產生較大噪音，可能引起耳部不適，不過通常會提供耳塞來減輕影響。 3. 心理影響：有些人在檢查時可能會感到緊張、焦慮，尤其是對封閉空間較為敏感的人群。 4. 對比劑影響：如果使用了對比劑，極少數人可能會出現過敏反應，如皮疹、瘙癢、呼吸困難等。 5. 幽閉恐懼癥影響：對于有幽閉恐懼癥的患者，在相對封閉的檢查環境中可能會出現恐懼、心慌等癥狀。 總體而言，磁共振檢查是一種相對安全的影像學檢查方法，但在檢查前應如實告知醫生自身情況，以便醫生評估并采取相應措施，減少可能出現的不良影響。

就目前的磁共振技術而言，其設備的激勵源是短波和超短波段的電磁波，為非電離輻射，平均功率僅為數瓦，低于推薦的非電離輻射的安全標準。而且，磁共振產生的靜磁場或線性梯度磁場也不會引起機體的異常反應。可以說，磁共振是一種安全的檢查方法。　　盡管安全，但如符合以下情況之一，則須嚴禁作磁共振檢查。例如，置放心臟起搏器、置換假肢或人工關節、疑有眼球異物、動脈瘤銀夾結扎術后、安裝假牙（義齒）等。放置宮內節育環的婦女，由于平時無法輕易取出節育環，所以也應慎作檢查。當然，除了上述情況外，如果檢查中出現任何異常不適感，均應立刻停止檢查。