中樞神經系統感染若治療不及時或病情嚴重，可能會留下多種后遺癥，包括認知障礙、運動功能障礙、癲癇、精神癥狀、感覺異常等。 1.認知障礙：表現為記憶力下降、注意力不集中、思維遲緩等，影響學習和工作能力。 2.運動功能障礙：可能出現肢體無力、癱瘓、肌肉萎縮、平衡失調等，導致行動不便。 3.癲癇：大腦神經元異常放電，引起反復發作的癲癇發作，需長期藥物控制。 4.精神癥狀：如焦慮、抑郁、躁狂、幻覺等，嚴重影響患者的心理狀態和社交功能。 5.感覺異常：包括肢體麻木、疼痛、感覺過敏或減退，影響生活質量。 中樞神經系統感染的后遺癥對患者的生活產生較大影響，一旦發生感染，應及時到正規醫院就診，積極治療，以減少后遺癥的發生風險。

由于免疫反應的不同，同一致病因子在不同人身上有的致病很輕，有的很重，有的出現反復。常見的有感染時產生的抗體形成的抗體抗原復合物，可引起血管炎或CNS的脫髓鞘反應。因此，不僅是疾病本身的損傷，其引起的免疫反應亦對神經系統造成損害。所以后遺癥并不是特定的。