巧克力囊腫最佳治療方法是手術+藥物，但是對較大巧克力囊腫不宜用藥物治療。常見治療藥物有：　　（1）孕三烯酮：為19-去甲基睪酮甾體類藥物，有抗孕激素、中度抗雌激素和抗性腺效應，抑制FSH、LH峰值并減少LH均值，使體內雌激素水平下降，異位內膜萎縮、吸收，是一種假絕經療法，6個月為一療程，治療后50%-100%患者發生閉經，癥狀緩解率達95%以上，副反應低，對肝功能影響較小且可逆，用藥量少、方便，孕婦忌服。　　（2）達那唑：與孕三烯酮療效相近，副作用有惡心、頭痛、潮熱、乳房縮小、體重增加、性欲減退、多毛、座瘡、皮脂增加、肌痛性痙攣等，一般能耐受，有肝功能損害不宜使用。　　（3）口服避孕藥：媽富隆等短效口服避孕藥，用法每日1片，連續用6-9個月。　　（4）孕激素：狄波普維拉、甲羥孕酮、宮腔內放置曼月樂環。　　（5）促性腺激素釋放激素激動劑（GnRH-A類藥物），此類藥物可抑制垂體分泌促性腺激素，使卵巢激素水平明顯下降，次療法又稱藥物性卵巢切除。我國目前常用該類藥物有：亮丙瑞林、戈舍瑞林，月經第一天皮下注射后，每隔28日注射一次，共3-6次，一般用藥后第2個月開始閉經，使痛經緩解，停藥后在短期內排卵可恢復。副反應主要有潮熱、陰道干燥、性欲減退、骨質丟失等絕經癥狀，停藥后多可消失，骨質丟失需要一年才能逐漸恢復正常。　　提醒患者：由于各人病情不盡相同，所以治療的方案也會各異，建議在醫生評估后，遵照醫囑用藥。

巧克力囊腫吃藥的話效果不是特別確切，當然部分比較輕微的患者是可以藥物保守治療的，建議選擇中藥調理。但如果比較嚴重的巧克力囊腫目前的主要治療方式是手術治療，效果會比較確切。